Menurut satu legenda, biara ini dipercayai dibina di tempat nabi Elia berehat semasa dia melarikan diri dari kezaliman Ratu Izebel, yang terkenal kerana mendakwa nabi dan yang ingin membalas dendam atas penyembelihannya terhadap para imam Baal. Legenda lain mengaitkannya dengan makam Saint Elias, sami Mesir yang merupakan Patriark Betlehem pada tahun 494.
Biara ini dibina pada abad ke-6 di atas runtuhan gereja Byzantine, pada masa Palestin adalah pusat monastikisme yang terkenal (abad ke-4 - ke-7). Ia adalah masa apabila sami-sami terkemuka berduyun-duyun dari seluruh rantau ini ke Palestin dan sampai ke gua-gua atau menyertai ratusan biara yang tumbuh di atas landskap. Kerohanian mereka dan tahap kesucian yang tinggi yang diusahakan oleh para bhikkhu ini di padang pasir melalui pertapaan rohani atau latihan jasmani menjadi bahan legenda.
Terletak tiga lima kilometer di utara Bethlehem, Biara Mar Elias terletak di bawah bidang kuasa Gereja Ortodoks Yunani. Ia telah dimusnahkan semasa pencerobohan Parsi pada 614 M, telah dibina semula dan dimusnahkan lagi berkali-kali sehingga ia dibina semula dalam bentuk sekarang pada Abad ke-12. Strukturnya yang seakan-akan kubu dan lokasinya yang strategik di antara Bethlehem dan Baitulmaqdis menjadikannya menarik untuk operasi ketenteraan semasa perang 1948 dan 1967.
Pada 2 Ogos setiap tahun, perayaan St. Elias disambut dengan penuh kemegahan, apabila Patriarch of Jerusalem, bersama-sama dengan orang kenamaan Kristian dari Jerusalem singgah di Mar Elias, dan kemudian pergi ke Gereja Nativity di Bethlehem.
